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中国科学家将基因组分析速度提升5倍

中国科学家将基因组分析速度提升5倍

自基因组学技术问世以来,测序与分析一直是基因组学技术中最主要的两个环节。实际上,与繁重的测序工作相比,基因组的分析也同样复杂,需要耗费大量时间。

2016.01--2019.12 江苏省南通市委书记、市人大常委会主任

“如今,完成一个人的全基因组测序是普通家庭都可以负担起费用的‘平常’事情了。以三代测序为例,完成个人全基因组测序仅需1天时间、费用低于5万元。”论文作者、中国农业科学院深圳农业基因组研究所研究员阮珏告诉经济日报记者。

2019.12至今 中国电子信息产业集团有限公司副总经理、党组成员

2013年起,阮珏和美国哈佛医学院的博士李恒在德布鲁因图基础上,设计出一个新的组装图理论——模糊布鲁因图。通过重新对短串进行定义,它能够容忍高噪音数据,并随后对生成组装图和恢复基因组序列做了大量相应的重构,使其兼具高效率和高容错的优点。

DNA测序技术成熟于上世纪70年代中后期,1990年人类基因组计划的提出,将基因组测序技术逐步由实验室迈入商业化阶段;到2004年人类基因组计划完成时,第二代基因组测序技术已经相对成熟,开始大规模商业化应用;2013年,单分子等第三代测序技术出现,也预示着测序技术应用更广,测序的成本越低。

巴西巴中工商总会研究员伊莎贝尔·卡瓦略表示,美国插手他国事务已经屡见不鲜,所谓人权问题只是借口,实际意图是维护其世界霸权。新疆是中国内部事务,轮不到美国置喙。

苏英麟坦言,对事件感到惊讶及担心,校方会留意学生有否因此事而感到担心,因为炸弹是可大可小的事情,而警方前日已封锁学校进行深入调查,及将爆炸品移除及解封,校方相信学校已经安全,所以前晚(9日晚)警方解封后,学校向家长发电邮通知10日照常考试及上课。经过今次事件,校方会检讨有什么地方可以改善,加强保障师生安全。

港警查获2枚暴徒所制真炸弹。(图源:文汇网)

1993.03--1994.02 南京航空航天大学电子工程系党总支副书记

突尼斯国际问题专家贾斯米·朱马认为,美国等西方国家以人权为借口干涉别国内政是惯用手段,许多阿拉伯国家也遭受了这样的操作。涉疆问题是中国内部事务,许多美国议员根本没有去过新疆,也不了解新疆情况,仅因政治因素而通过涉疆法案。

2010.07--2011.04 江苏省南京市副市长、建邺区委书记,南京河西新城区开发建设指挥部常务副指挥长、党组副书记

1999.03--2002.06 共青团江苏省南京市委书记、党组书记

1992.07--1993.03 南京航空航天大学团委副书记

校方感激港警移除爆炸品

2002.11--2006.03 江苏省南京市建邺区委副书记、代区长、区长

近年来,生物信息学领域的科学家们致力于改变这种数据产出速度远高于数据分析速度的尴尬状况,不断开发出更高效的组装分析算法。

1987.07--1992.07 南京航空学院电子工程系学生辅导员

然而,随着近年来基因组学技术发展突飞猛进,这种状况正在逐步改变。

警方相信,两宗遥控炸弹案均与“屠龙小队”有关,他们在制成更重磅的HMTD遥控炸弹后,不敢收放在自住地方,担心万一爆炸,炸死自己,于是偷运到华仁书院胡应湘堂地基下的僻静斜坡暂存,打算在游行当日再派人取出使用,而当日还有乱枪射杀警员和游行者、再嫁祸警队的另一个惊天阴谋。幸好警方当日及时拘捕“屠龙小队”多名成员,查获半自动手枪、百发中空子弹等大批武器,令暴徒的计划流产。警方现正追查“屠龙小队”的其他成员,不排除有更多人被捕。

苏英麟同时感谢警方把爆炸品移除,保障学校及师生安全,校方会全面配合警方调查工作。

旺角初爆疑为暴徒小试牛刀

警方发现,暴徒当晚只用了小量的自制TATP烈性炸药,怀疑他们只是小试牛刀,之后再购买大量原料,混合另一种烈性炸药HMTD,用来制造重磅炸弹,并选定12月8日的“民阵”游行中连环引爆。

2013年,阮珏与李恒合作开始了测序数据分析方法如组装算法的开发,力求推动测序数据的分析速度更快、分析质量更高。2016年,他们的研究结束,并将研究成果Wtdbg对所有人免费开放使用。3年来,这项成果不仅被几十篇学术论文引用,还被国内多家基因测序分析公司作为主要组装分析工具,并且在2019年世界大学生超算竞赛中作为性能测试赛题。

1996.01--1999.03 江苏省南京市仪器仪表工业公司副经理、党委委员,南京仪表控股(集团)有限公司董事、副总经理、党委委员

泰国正大管理学院院长助理、暹罗智库主席洪风说,美国滥用人权大棒,将本国的价值体系强加于别国,无视国际法则,不尊重他国主权,以人权为借口干涉他国事务,是帝国霸权作风。西方一些媒体丧失新闻工作者独立调查的职业操守,很多抹黑中国的媒体记者都没去过中国。

港媒称,HMTD学名六亚甲基三过氧化二胺,是一种“机械感度”很高的炸药,经常用作起爆药;硝酸铝是一种助燃剂,着火会猛烈燃烧,高温时分解,并释放剧毒的氮氧化物。HMTD和TATP是炸弹袭击和自杀式炸弹袭击中最常见的过氧化物炸药,而HMTD的合成方法较TATP略为繁琐,但原料容易取得、容易引爆且爆炸威力强大,受到全球执法机构的注意和重视。

1983.09--1987.07 南京航空学院电子工程系电子工程专业学习

海外网12月11日电 香港警方12月9日在湾仔华仁书院发现两个遥控土制炸弹,目前仍在深入追查情况,初步相信检获的炸弹是暴徒中最凶残的“屠龙小队”所制,原定在刚过去的周日(8日)“民阵”游行中引爆。警方拆弹专家已证实查获的是真炸弹且可被引爆,并怀疑这两个炸弹与10月13日在旺角图炸警车的遥控炸弹,出自同一波暴徒之手。

澳大利亚全澳中国和平统一促进同盟会会长钱启国表示,涉疆问题根本不是民族、宗教、人权问题,而是反暴恐和反分裂问题。新疆事务纯属中国内政,不容任何外国干涉。美方通过上述法案蓄意抹黑中方反恐和去极端化举措,暴露其在反恐问题上的双重标准,用心险恶。

炸弹弹药高温分解下会释放剧毒

2002.06--2002.11 江苏省南京市建邺区委副书记

在测序技术日新月异的同时,分析技术也在共同成长。以人类基因组组装为例,在2014年需要消耗50万个CPU小时,且只能在超大计算机集群上进行。因而,以全基因组组装方式对群体进行测序分析已经成为生物医学研究的趋势。

日前,中国农业科学院深圳农业基因组研究所阮珏团队在《自然·方法学》上发表了第三代测序数据组装算法Wtdbg,极大提高三代测序数据的分析效率,与今年4月发表在《自然·生物技术》上的Flye算法相比,分析速度提升了5倍,并首次将测序数据分析时间降低到少于测序数据产出时间。

上世纪90年代,德布鲁因图被引入基因组组装领域,其以速度优势常用于第二代测序数据的组装分析,但因测序噪音极高,从未成功应用在第三代测序数据。

南非金山大学教授詹尼·罗索乌说,美国等一些西方国家在人权问题上奉行双重标准。美国常以“人权卫士”自居,对他国内政进行干预。

新西兰中国和平统一促进会会长、新西兰华人社团联合会会长黄玮璋等新西兰侨领认为,该法案对新疆人权状况和中国政府治疆政策进行歪曲抹黑和无端指责,粗暴干涉中国内政,令华侨华人强烈愤慨。海外华侨华人坚决支持中国政府捍卫国家主权、安全和发展利益。

斯里兰卡智库探路者基金会项目主任、前海军司令贾亚纳特·科隆巴哥今年9月曾访问过新疆。他说,自己看到新疆非常平静,那里的人民生活幸福。外国不应试图干预涉疆问题。(参与记者:周星竹、汪瑾、任芊、陈宇、叶在琪、潘革平、卢怀谦、赵熙、黄灵、唐璐)

Wtdbg算法的开发得益于一个新的组装图理论——模糊布鲁因图的提出。模糊布鲁因图借鉴了德布鲁因图的思想,将测序数据切分为固定长度的短串,再从短串构建出的图上恢复出全基因组序列。

2006.03--2010.07 江苏省南京市建邺区委书记,南京河西新城区开发建设指挥部常务副指挥长、党组副书记(2001.09--2010.07南京航空航天大学管理科学与工程专业在职研究生学习,获管理学博士学位)

比利时赛百思中欧商务咨询公司总裁弗雷德里克·巴尔丹认为,美国一直试图制造麻烦以强化对中国的遏制。人们已清楚看到,正是在中国共产党的领导下,新疆实现了社会稳定、经济发展和人民生活改善。

警方初步调查发现,在华仁书院检获的2个爆炸装置,与10月13日在旺角弥敦道及快富街交界路中花槽被引爆的遥控炸弹,在配件和制作手法上如出一辙,有理由相信是来自同一个源头,而目前的调查线索均指向暴徒中最残暴且手段近乎恐怖分子的“屠龙小队”。

“我们收到大量反馈,不仅有助修订算法软件中的漏洞,还带来了新想法和思路。算法需要不断在实践中完善,只有通过更多实际应用,我们才能更有效调整改进这套算法。目前的算法与2016年相比已经是2.0版本,而更高版本的算法于今年初也开始了研究。”阮珏告诉记者。

关键钥匙:模糊布鲁因图

香港华仁书院前校长、助理校监苏英麟10日表示,发现炸弹位置为胡应湘堂地基附近斜坡,属私人地方,但处于学校大闸之外,属公众可接触到的范围,会有闲杂人沿上址斜路前往行人天桥;初步看不到有任何理由或有任何证据显示案件与学校师生有关,现阶段亦不适宜将事件联系到社会事件。

10月13日晚上8点,暴徒在旺角弥敦道及快富街交界路设置路障后,将炸弹放在旁边的花槽中。当运送防暴警的车队在现场停下后,有防暴警员下车清理路障时,在花槽15米外,暴徒用手机引爆炸弹并发出巨响,幸无伤及警员和路人。

2013.12--2016.01 江苏省泰州市委副书记、代市长、市长

据文汇网11日报道,香港警方确认,9日下午在华仁书院检获的2枚炸弹,为功能完整的制成品,分别以手机及无线电发射器遥控。炸爆装置有10公斤烈性炸药,包括HMTD、硝酸铝粉末,装置内有铁钉加大杀伤力,另有电池盒和电子接收器。警方形容,制弹者唯一目的是用来杀人或伤害他人,这种炸弹在50米至100米内可造成大量伤亡,是令人难以置信的危险装置。

1994.02--1996.01 南京航空航天大学团委书记(1991.09-1994.03南京航空航天大学通信和电子系统专业在职研究生学习,获工学硕士学位)